CentOS のパスワードアルゴリズムを変更する方法は以下の通り。

【例】 sha-512の場合

# LANG=en_US.UTF-8 authconfig --passalgo=sha512 --update

passalgoに指定できるアルゴリズム: descrypt, bigcrypt, md5, sha256, sha512

確認

# LANG=en_US.UTF-8 authconfig --test | grep algorithm
 password hashing algorithm is sha512

環境:
CentOS 5
CentOS 6